Молекулярная филогенентика

Полина Дроздова, Олег Тарасов

Институт биоинформатики (Bioinformatics Institute)

Курс посвящён основам филогенетики и современным методам, применяемые для построения филогении по данным последовательностей нуклеиновых кислот или белков. Кроме того, мы рассмотрим некоторые другие темы, необходимые для понимания закономерностей эволюции.

Программа

1. Введение. Необходимая терминология. Знакомство с деревьями
1.1 Введение
1.2 Подходит ли Вам этот курс?
1.3 Необходимая терминология
1.4 Практические аспекты обращения с деревьями
2. Выравнивание нуклеотидных и белковых последовательностей
2.1 Алгоритмы попарного выравнивания
2.2 Особенности выравнивания белковых последовательностей
2.3 Множественное выравнивание
2.4 Базы данных последовательностей
3. Методы построения и проверки деревьев
3.1 От выравнивания к дереву
3.2 Методы расстояний: UPGMA, NJ
3.3 Дискретные методы: MP, ML
3.4 Сравнение и укоренение деревьев
3.5 Тестирование топологии
3.6 Bootstrap, jackknife
3.7 Немного о байесовской статистике
3.8 Байесовские методы восстановления филогении
3.9 Байесовские методы для датировки
4. Эволюция гена и генома
4.1 Терминология генетики популяций и закон Харди-Вайнберга
4.2 Факторы, влияющие на популяцию
4.3 Коалесцентные методы
4.4 Гомология последовательностей и семейства генов
4.5 Маркерные гены
4.6 Заключение

Ключевые слова

Эфолюция, филогенетика, анализ молекулярных последовательностей


Характеристики курса

Направление в конкурсе
Естественные и технические науки
Вид образования
Неформальное
Уровень формального образования
Бакалавриат, Подготовка в магистратуру, Магистратура, Дополнительное профессиональное
Рекомендуемый возраст для неформального обучения
16-18, 19-25, 25-45
Язык обучения
Русский
Дисциплина
Биология
Авторы курса
Полина Дроздова, Олег Тарасов
Реквизиты авторов
Полина Дроздова, аспирант биологического факультета СПбГУ. Занимается научными исследованиями в области молекулярной генетики дрожжей Saccharomyces cerevisiae. Олег Тарасов, ассистент кафедры генетики и биотехнологии СПбГУ. Lecturer at Department of Genetics and Biotechnology, Saint-Petersburg State University. Магистр биологии, выпускник кафедры генетики и биотехнологии СПбГУ. Научные интересы: молекулярная эволюция, генетика популяций, молекулярные механизмы синтеза белка, структура прионов и амилоидов.
Преподаватели
Полина Дроздова, Олег Тарасов
Организация
Институт биоинформатики (Bioinformatics Institute)
Реквизиты организации
Институт биоинформатики открыт в 2013 году в Санкт-Петербурге на основе курсов по биоинформатике, которые открылись в 2010 году на базе Академического университета (СПбАУ РАН) при поддержке компании JetBrains и лаборатории алгоритмической биологии СПбАУ РАН. Институт предоставляет дополнительное образование: студенты совмещают обучение с основными образовательными программами в других вузах, профессиональной или научной деятельностью. Институт сотрудничает с СПбАУ РАН и ведущими компаниями и лабораториями в области биоинформатики и биотехнологий. В рамках обучения студенты занимаются научной работой по решению реальных задач биоинформатики.
Входные требования по уровню знаний
Необходимо представлять основы генетики на уровне студентов младших курсов биологических специальностей или очень продвинутых школьников. Для решения практических заданий будут полезны навыки R и/или Python и bash.
Входные требования на предыдущие курсы
нет
Профессия, специальность для которой курс имеет значение (атлас профессий)
Молекулярный биолог, генетик, биоинформатик
Входной тест
Формирование групп по уровню подготовленности
Присутствие преподавателей
Присутствие тьюторов
Присутствие фасилитаторов
Форма представления учебных материалов
тексты, видеолекции, онлайн общение с преподавателем, контрольный опросник, кейс, профессиональное программное обеспечение
Наличие обратной связи в материалах
Наличие совместного обучения
Наличие форумов, дискуссий
Наличие вебинаров, видеоконференций
Наличие неформального общения, meetup
Интеграция с LMS
Учебная аналитика
Наличие сертификации
Виды сертификации
сертификат Stepik
Уровни сертификата
обычный сертификат, сертификат с отличием
Наличие временных границ
Продолжительность
4 (недели)
Тип занятий (синхронность)
асинхронные
Виды оценивания
тест, творческое задание
Единица модуля
неделя
Количество модулей в курсе
4
Возможность формирования собственной траектории, индивидуализации на курсе
Операционные системы
Windows, MACOS, Linux
Поддерживаемые браузеры
Chrome, Opera, Mozilla, Edge, Internet Explorer
Устройства для обучения
Персональный компьютер, Смартфон (для просмотра лекций)
Поддержка лиц с ограниченными возможностями
Сайт курса

Комментарии


Светлана | 17-09-2017
Современный и актуальный курс, в котором четко поставленные цели ориентированны на разный уровень первичных знаний слушателей. Реализован данный подход в системе тестово-практических заданий. Оперативное реагирование на вопросы обучающихся и уважительное к ним отношение при педагогической поддержке и сопровождении учебных "шагов". Юмор! Замечательные лекции с фоновой презентацией, которая еще и дополнительно выложена по итогам модуля. Максимальное использование возможностей платформы. Несколько настораживает арифметика: число записавшихся и получивших сертификат - это следствие сложности заданий или жетский дедлайн. Жаль, что такой курс не ориентирован на поддержку лиц с ограниченными возможностями, которые могли бы успешно с ним справится особенно в части информационных технологий.
ol_pav_mi@mail.ru | 16-09-2017
Профессионально выполненный курс, почти все составляющие элементы онлайна-курса присутствуют. Курс будет полезен студентам, изучающим информатику разных направлений, а также школьникам, углубленно изучающим информатику и их педагогам. По условиям конкурса онлайн-курс должен быть проведен со студентами. Не видно студенческой учебной деятельности, не понятно, был ли курс реализован.