Управление вычислениями

Антон Брагин, Сергей Мозгов

Институт биоинформатики (Bioinformatics Institute)

Курс посвящен изучению инструментария для работы с данными, автоматизации анализа и обеспечению воспроизводимости.

Программа

1.Введение
2.Контейнеризация и Docker
2.1 Знакомство с Docker
2.2 Работа с файлами в контейнерах Docker
2.3 Взаимодействие контейнеров Docker
2.4 Работа с образами Docker
2.5 Технологические основы и роль контейнеризации
3. Workflows и Pipelines
3.1 Работа с данными и пайплайны
3.2 Инструменты пайплайнинга и подходы к описанию пайплайнов
3.3 Snakemake: имплицитное описание графа анализа
3.4 Snakemake: создание пайплайнов
4. Common Workflow Language
4.1 Знакомство с CWL
4.2 Описание инструментов с использованием CWL
4.3 CWL: полезные компоненты
4.4 CWL: создание пайплайнов
5. Заключение

Ключевые слова

управление вычислениями, Docker, Linux, пайплайн, Python


Характеристики курса

Направление в конкурсе
Естественные и технические науки
Вид образования
Неформальное
Уровень формального образования
Дополнительное профессиональное, Профессиональное совершенствование
Рекомендуемый возраст для неформального обучения
19-25, 25-45
Язык обучения
Русский
Дисциплина
Разработка и анализ программного обеспечения
Авторы курса
Антон Брагин, Сергей Мозгов
Реквизиты авторов
Антон Брагин, Руководитель группы биоинформатики в компании Parseq Lab. Сергей Мозгов, Инженер ИТ-инфраструктуры, Parseq Lab С отличием закончил ОрелГТУ по направлению “Информационные системы”. Степень кандидата технических наук по специальности 051306 “Автоматизация технологических процессов и производств”. Занимался промышленной автоматизацией и задачами управления вычислительными системами. Занимается проектами по анализу данных в области Life Science с использованием High Performance и Cloud Computing.
Преподаватели
Антон Брагин, Сергей Мозгов
Организация
Институт биоинформатики (Bioinformatics Institute)
Реквизиты организации
Институт биоинформатики открыт в 2013 году в Санкт-Петербурге на основе курсов по биоинформатике, которые открылись в 2010 году на базе Академического университета (СПбАУ РАН) при поддержке компании JetBrains и лаборатории алгоритмической биологии СПбАУ РАН. Институт предоставляет дополнительное образование: студенты совмещают обучение с основными образовательными программами в других вузах, профессиональной или научной деятельностью. Институт сотрудничает с СПбАУ РАН и ведущими компаниями и лабораториями в области биоинформатики и биотехнологий. В рамках обучения студенты занимаются научной работой по решению реальных задач биоинформатики.
Входные требования по уровню знаний
От учащихся потребуются навыки работы с операционной системой Linux, в том числе уверенное использование терминала и знание базовых команд bash. Также будут востребованы навыки программирования на языке Python 3.
Профессия, специальность для которой курс имеет значение (атлас профессий)
Биоинформатика, специальности, связанные с анализом данных.
Входной тест
Формирование групп по уровню подготовленности
Присутствие преподавателей
Присутствие тьюторов
Присутствие фасилитаторов
Форма представления учебных материалов
тексты, видеолекции, онлайн общение с преподавателем, профессиональное программное обеспечение
Наличие обратной связи в материалах
Наличие совместного обучения
Наличие форумов, дискуссий
Наличие вебинаров, видеоконференций
Наличие неформального общения, meetup
Интеграция с LMS
Учебная аналитика
Наличие сертификации
Виды сертификации
Сертификат от Stepik
Уровни сертификата
обычный сертификат, сертификат с отличием
Наличие временных границ
Продолжительность
3 (недели)
Тип занятий (синхронность)
асинхронные
Виды оценивания
тест, творческое задание
Единица модуля
неделя
Количество модулей в курсе
5
Возможность формирования собственной траектории, индивидуализации на курсе
Операционные системы
Ubuntu (Linux), Python 3, Docker, cwltool
Поддерживаемые браузеры
Chrome, Opera, Mozilla, Edge, Internet Explorer
Устройства для обучения
Персональный компьютер
Поддержка лиц с ограниченными возможностями
Сайт курса

Комментарии